在日常分離分析工作中，色譜柱的正確使用和維護十分重要，色譜柱使用是否得當，直接影響色譜柱的壽命，稍有不慎就會(huì )降低柱效、縮短使用壽命甚至損壞。在色譜操縱過(guò)程中，需要留意下列題目，以維護色譜柱。
(1)柱子在裝卸、更換時(shí)，動(dòng)作要輕，接頭擰緊要適度。必須防止較強的機械振動(dòng)，以免柱床產(chǎn)生空隙。
(2)假如儀器用來(lái)做常規分析，樣品種類(lèi)有限，但分析次數多，則不妨為每一類(lèi)常規分析配置一根柱，這樣有助于延長(cháng)柱子的壽命。
(3)避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動(dòng)。溫度的忽然變化或者使色譜柱從高處掉下都會(huì )影響柱內的填充狀況;柱壓的忽然升高或降低也會(huì )沖動(dòng)柱內填料，因此在調節流速時(shí)應該緩慢進(jìn)行，在閥進(jìn)樣時(shí)閥的轉動(dòng)不能過(guò)緩。
(4)應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變?yōu)槿渴撬?，反之亦然?br style="padding: 0px; margin: 0px auto;" />(5)如使用柱溫控制裝置時(shí)，應留意在通人活動(dòng)相后才能升溫。
(6)一般說(shuō)來(lái)色譜柱不能反沖，只有生產(chǎn)者指明該柱可以反沖時(shí)，才可以反沖除往留在柱頭的雜質(zhì)。否則反沖會(huì )迅速降低柱效。
(7)選擇使用適宜的活動(dòng)相，以避免固定相被破壞。有時(shí)可以在進(jìn)樣器前面連接一個(gè)預柱，分析柱是鍵合硅膠時(shí)，預柱為硅膠，可使活動(dòng)相在進(jìn)進(jìn)分析柱之前預先被硅膠“飽和”，避免分析柱中的硅膠基質(zhì)被溶解。

8)避免將基質(zhì)復雜的樣品尤其是生物樣品直接注人柱內，需要對樣品進(jìn)行預處理或者在進(jìn)樣器和色譜柱之間連接一個(gè)保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱。保護柱可以而且應該經(jīng)常更換。
(9)經(jīng)常用強溶劑沖洗色譜柱，清除保存在柱內的雜質(zhì)。在進(jìn)行清洗時(shí)，對流路系統中活動(dòng)相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過(guò)渡，每種活動(dòng)相的體積應是柱體積的20倍左右，即常規分析需要50-75mL。
(10)保存色譜柱時(shí)應將柱內布滿(mǎn)乙腈或甲醇，柱接頭要擰緊，防止溶劑揮發(fā)干燥。盡對禁止將緩沖溶液留在柱內靜置過(guò)夜或更長(cháng)時(shí)間。
(11)色譜柱使用過(guò)程中，假如壓力升高，一種可能是燒結濾片被堵塞，這時(shí)應更換濾片或將其取出進(jìn)行清洗;另一種可能是大分子進(jìn)人柱內，使柱頭被污染;假如柱效降低或色譜峰變形，則可能柱頭出現塌陷，死體積增大。